1994 թվականի օգոստոսի 18-ին վախճանվեց Ամենայն Հայոց Կաթողիկոս Վազգեն Առաջինը, ով Հայոց Հայրապետն էր շուրջ 4 տասնամյակ։ Օրեր անց Երուսաղեմի Հայոց պատրիարք Թորգոմ Մանուկյանն ընտրվեց Կաթողիկոսի տեղապահ, իսկ Ծայրագույն Պատրիարքի ընտրությունները նշանակվեցին 1995 թվականի ապրիլի 3-ին։

Թվում էր, թե լավագույն շանսերը պետք էր հենց տեղապահն ունենար։ Սակայն իրականությունն այլ էր։ Դեռեւս նախքան տեղապահ ընտրվելը հայաստանյան մամուլում քիչ չէին հոդվածները, որոնք Թորգոմ Մանուկյանին դրական լույսի ներքո չէին ներկայացնում։ Մեկ այլ հանգամանք էլ կար. Սուրբ Ծննդյան նախօրեին Կաթողիկոսը տեղապահը Մայր տաճարում ելույթ էր ունեցել ոչ միայն հայերեն, այլեւ անգլերեն։ Տեղեկություններ կային, որ Հայաստանի նախագահ Լեւոն Տեր-Պետրոսյանը դժգոհություն էր հայտնել եւ ասել, որ Մայր Աթոռում ելույթները պետք է հայերեն միայն հնչեն։

Կաթողիկոսի պաշտոնի ամենահավանական թեկնածուների թվում էր Արարատյան Հայրապետական թեմի առաջնորդ Գարեգին արքեպիսկոպոս Ներսիսյանը՝ թեկուզ միայն այն պատճառով, որ նրա գլխավորած թեմն ամենաշատ ձայներն ուներ Ազգային- Եկեղեցական ժողովում։ Այլ թեկնածուներն էին Մայր Աթոռի դիվանապետ Ներսես արքեպիսկոպոս Պոզապալյանը, Արցախի թեմի առաջնորդ Պարգեւ եպիսկոպոս Մարտիրոսյանը եւ Արեւելյան Ամերիկայի թեմի առաջնորդ Խաժակ արքեպիսկոպոս Պարսամյանը։

Երբեմն թեկնածուների թվում հիշատակում էին նաեւ Մեծի Տանն Կիլիկիո Կաթողիկոս Գարեգին Երկրորդի անունը։ Սակայն, հաշվի առնելով Կիլիկիո կաթողիկոսության եւ Դաշնակցության կապերը, որի գործունեությունը Հայաստանում դադարեցվել էր 1994 թվականի դեկտեմբերից, թվում էր, որ նրա թեկնածությունն ի սկզբանե «անցողիկ» չէր:

Ամեն ինչ փոխվեց 1995 թվականի մարտի 8-ին, երբ «Արմենպրես» գործակալությունը Լեւոն Տեր-Պետրոսյանի հետ հարցազրույց հրապարակեց։ Հայաստանի նախագահը հայտարարել էր, որ, իր կարծիքով, ամենաարժանի թեկնածուն... Կիլիկիո Կաթողիկոս Գարեգին Երկրորդն է: Տեր-Պետրոսյանը կարծիք էր հայտնել, որ Գարեգին Երկրորդին Ամենայն հայոց կաթողիկոս ընտրելը կարող է շրջադարձային դառնալ Հայ Առաքելական Եկեղեցու միասնության վերականգնման համար եւ կնպաստի Հայաստան-Սփյուռք հարաբերությունների զարգացմանը։ Ու թեեւ Տեր-Պետրոսյանը հարցազրույցի սկզբում նշել էր, որ կարծիք է հայտնում է ոչ թե որպես նախագահ, այլ որպես քաղաքացի, պարզ դարձավ, որ Հայաստանի իշխանություններն իրենց ընտրությունը կատարել են։

Նախագահի հայտարարությունը շատերի համար «սառը ցնցուղ դարձավ», քանի որ մինչեւ Տեր-Պետրոսյանի հարցազրույցը թվում էր, թե իշխանությունները պաշտպանում են Արարատյան Հայրապետական թեմի առաջնորդ Գարեգին Ներսիսյանի թեկնածությունը, ով լայնածավալ «նախընտրական արշավ» էր վարում։

Ազգային-Եկեղեցական ժողովն իր աշխատանքը սկսեց 1995 թվականի ապրիլի 3-ին՝ 28 երկրից 398 պատվիրակների մասնակցությամբ։ Նիստի մեկնարկին կարճ ելույթ ունեցավ Լեւոն Տեր-Պետրոսյանը՝ նշելով, որ վերջին 600 տարում առաջին անգամ կաթողիկոսի ընտրություններն անցկացվում են հայոց անկախ պետականության գոյության պայմաններում։

Նախագահն հատուկ անդրադարձավ նաեւ 1956 թվականի պառակտմանը, ասելով, որ չի ընդունում որեւէ բացատրություն կամ հիմնավորում։ «Չեմ կարծում, որ ՊԱԿ-ի հետ համագործակցելու մեջ մեղադրվող Էջմիածինն ավելի վատ էր ծառայել մեր ժողովրդին, քան Կիլիկիո կաթողիկոսությունը։ Պարզապես հայ ժողովուրդը, ինչպես նախկինում, դարձավ մեծ տերությունների խաղերի զոհը եւ օգտագործվեց Սառը պատերազմի նպատակների համար»,- ասել էր Լեւոն Տեր-Պետրոսյանը։

Քվեարկությունը սկսվեց ապրիլի 4-ի առավոտյան, եւ առաջին փուլից հետո պատկերն այսպիսին էր. Գարեգին արքեպիսկոպոս Ներսիսյան՝ 123 ձայն, Գարեգին Երկրորդ՝ 111 ձայն, Պարգեւ եպիսկոպոս Մարտիրոսյան՝ 61 ձայն: Երկրորդ փուլի արդյունքներով Կիլիկիո կաթողիկոսը հավաքեց 186 ձայն, իսկ Գարեգին Ներսիսյանը՝ 41 ձայնով պակաս։ Այդպես 1995-ի ապրիլի 4-ի երեկոյան 64-ամյա Գարեգին Երկրորդը հռչակվեց Գարեգին Առաջին Ամենայն հայոց կաթողիկոս։

Նրա գահակալությունը կարճ տեւեց՝ 1999 թվականի հունիսի 19-ին Գարեգին Առաջինը մահացավ ծանր հիվանդությունից։ Նույն թվականի հոկտեմբերի 27-ին Ամենայն Հայոց Կաթողիկոս ընտրվեց Գարեգին արքեպիսկոպոս Ներսիսյանը։

Արա Թադեւոսյան